যখন পরাগধানী হতে পরাগরেণু কোনো মাধ্যমের বা বাহকের দ্বারা স্থানান্তরিত হয়ে একই প্রজাতির অন্য একটি গাছের ফুলের গর্ভমুণ্ডে পড়ে তখন তাকে পর-পরাগায়ন বা ক্রস পলিনেশন বলে। বাহকের মধ্যে উল্লেখযোগ্য হলো বাতাস, পোকামাকড় ইত্যাদি। এক্ষেত্রে ফুলগুলোতে জিনোটাইপের ভিন্নতা থাকে বিধায় এর ফল থেকে যে বীজ উৎপন্ন হয় তাতেও জিনোটাইপের পরিবর্তন হয়।